【2025年版】支払管理システム14選を目的別に比較！導入のメリットや選び方のポイントも解説

企業の信用維持や資金繰りの安定に直結する「支払管理」ですが、アナログな運用や属人化により、ミスや非効率が発生しやすいのも事実です。

支払いの入力ミスや抜け漏れなどの課題を解決する手段として、支払管理システムの導入が有用です。

本記事では、システム導入のメリットや選定ポイントを整理し、目的別に厳選した14の支払管理システムをご紹介します。

支払業務の非効率さに課題を感じている方や、経理体制の見直しを検討している方は、参考にしてください。

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支払管理とは？

支払管理とは、取引先から受け取った請求書に基づいて、決められた期日までに正確にお金を支払う一連の業務を指します。

企業の信用を守り、資金繰りを安定させるために欠かせない、経営上極めて重要な業務のひとつです。

具体的には、次のような流れで業務が進められます。

このように、請求書を受け取ってから記録を残すまで、複数のステップを経て実施されます。

支払管理でよくある3つの課題

現場でよく見られる支払管理の課題は、次の3つです。

1. 手作業による入力ミスや支払い漏れ

2. 属人化による業務の停滞

3. アナログ管理による非効率な作業

課題1.手作業による入力ミスや支払い漏れ

Excelや紙の管理表を使った支払業務では、どうしても次のようなヒューマンエラーのリスクがつきまといます。

こうした手作業に起因するミスは、会社の信頼性を揺るがすリスクを常にはらんでいます。

課題2.属人化による業務の停滞

支払業務において、「あの人でないと処理できない」という属人化は、多くの企業で見られる課題です。

長年同じ担当者が業務を担っていると、その人しか知らない手順やルールが蓄積され、業務がブラックボックス化しがちで、次のような問題に発展しかねません。

業務が属人化している状態は、支払業務の安定性と透明性を損なう要因となりかねません。

課題3.アナログ管理による非効率な作業

紙の請求書とExcelによる支払管理では、多くの手作業が発生し、業務の効率を大きく下げる要因です。

例えば、担当者は下記のようなアナログ業務を日常的に実施しています。

こうした作業は、担当者の時間を消費するだけでなく、属人化や処理の遅延・ミスの温床にもなります。

アナログな運用は、会社全体の生産性を下げる要因となるため、早期の見直しが必要です。

支払管理システムを導入する3つのメリット

よくある課題を解決し、支払業務をより正確かつ効率的に行うためには、支払管理システムの導入が有効です。

ここでは、支払管理システムを導入することで得られる主なメリットを3つに絞ってご紹介します。

1. 業務効率化やコスト削減につながる

2. 支払いミスや不正を防止できる

3. リアルタイムで正確な財務状況を把握できる

メリット1.業務効率化やコスト削減につながる

支払管理システムを導入することで、これまで手作業で実施していた一連の業務を効率的に自動化できるようになります。

自動化により、経理担当者の負担は軽減され、作業時間の削減が期待できます。具体的には、次のような業務効率化が可能です。

こうした業務効率化は、残業代などの人件費削減に直結するだけでなく、紙の印刷代や保管場所の管理費といった目に見えないコスト削減にも貢献します。

また、支払業務の流れがシステムに標準化されることで、担当者が変わっても安定して運用できる体制づくりにもつながります。

メリット2.支払いミスや不正を防止できる

支払業務には、二重払い・誤送金・不正送金といったリスクが常につきまといます。

ミスや不正は、企業の信頼を大きく損なう可能性があるため、人手に頼らず、仕組みとして未然に防ぐ体制が必要です。

支払管理システムを導入することで、こうしたリスクに対して具体的な機能を活用し、下記のように内部統制を強化できます。

ミスや不正を防ぐ仕組みを整えることで、支払いの正確性と安全性が高まり、企業の信頼性や監査対応力の向上にもつながります。

メリット3.リアルタイムで正確な財務状況を把握できる

支払管理システムを導入することで、「いつ・誰に・いくら支払うか」といった支払予定や実績の正確な把握が、リアルタイムで実現します。

情報の可視化によって会社の支出状況をコントロールしやすくなり、計画的な資金繰りや的確な経営判断につなげることが可能です。

具体的には、次のような効果が期待できます。

こうした仕組みによって、支払業務を起点に、経営全体の意思決定力や財務管理の精度を底上げできます。

支払管理システムの選定で押さえておきたいポイントは次の5つです。

1. 自社の業務範囲に合っているか

2. クラウド型かオンプレミス型か

3. 既存システムと連携できるか

4. 十分なセキュリティ対策がされているか

5. サポート体制は充実しているか

自社の業務フローや課題に合ったシステムを選ぶための参考にしてください。

ポイント1.自社の業務範囲に合っているか

支払管理システムを選ぶうえで最も大切なのは、「自社がシステムで何を解決したいのか」という目的を明確にすることです。

例えば、「とにかく請求書の処理を自動化したい」という課題が最優先であれば、文字を認識してデータ化できるAI-OCR機能が優れたシステムが候補になります。

一方で、「支払業務だけでなく、経費精算や契約管理まで含めて一元管理したい」というニーズがあれば、より多機能な製品を選ぶ必要があります。

システム選びに失敗しないためには、自社の課題を整理し、解決したいことの優先順位をつけたうえで、そのニーズに過不足なく応えてくれるシステムを選びましょう。

ポイント2.クラウド型かオンプレミス型か

支払管理システムの提供形態には、大きく分けて「クラウド型」と「オンプレミス型」の2種類があります。

クラウド型は、インターネット経由でサービスを利用する形態で、オンプレミス型は、自社内のサーバーにシステムを構築して利用する方式です。

それぞれの特徴を理解し、自社の運用方針に合ったタイプを選びましょう。

最近では、導入の手間やコストを抑えられ、どこからでもアクセスできる利便性からクラウド型が主流になっています。

特別な事情がない限りは、クラウド型を中心に検討するのがおすすめです。

ポイント3. 既存システムと連携できるか

支払管理システムを導入する際は、既存システムとスムーズに連携できるかどうかを必ず確認しましょう。

多くの企業では、すでに何らかの会計システムや販売管理システムを利用しています。もし連携ができない場合、システム間でデータを手作業で入力し直す必要があり、非効率な作業が残ってしまいます。

特に重要なのが、会計システムとの連携です。

支払いが完了したデータを仕訳データとして会計システムに自動で取り込めるAPI連携機能がついた製品を選ぶと、月末の経理担当者の負担が軽減され、決算業務の迅速化につながります。

システムを検討する際には、自社で利用中のシステム名をベンダーに伝え、連携可能か確認しましょう。

ポイント4. 十分なセキュリティ対策がされているか

支払管理システムは、自社の口座情報や取引先の情報など、極めて重要なデータを取り扱います。

そのため、万全なセキュリティ対策が施されているかは、妥協してはならないポイントです。

情報漏洩やサイバー攻撃は、会社の信用を根底から揺るがす重大なインシデントになりかねません。具体的には、次の点を確認しましょう。

これらの対策がしっかりと講じられているかは、信頼できるサービスを見極めるための重要な指標となります。

ポイント5. サポート体制は充実しているか

新しいシステムを導入する際には、必ず「使い方がわからない」「設定方法に迷う」といった疑問や問題が出てきます。

そんなときに、気軽に相談できるサポート体制が整っているかどうかは、安心してシステムを使い続けるために重要なポイントです。

特に初めてシステムを導入する企業の場合は、導入時の初期設定から運用が軌道に乗るまで、手厚くサポートしてくれるベンダーを選ぶと安心です。

具体的には、電話やメール、チャットなど問い合わせ方法の豊富さや、サポートの対応時間などを確認しておきましょう。

また、導入支援を専門とするチームがいるか、オンラインマニュアルやFAQが充実しているかもチェックしておくと、いざというときにスムーズに問題を解決できます。

【目的別】おすすめの支払管理システム14選

支払管理システムの選定では、自社の課題や目的に合った製品を選ぶことが何より重要です。

ここでは、目的別におすすめの支払管理システムを、目的別に4つのグループに分けて計14選ご紹介します。

1. 支払業務の自動化・効率化を重視する方向けの支払管理システム

2. 内部統制・ワークフローを強化したい方向けの支払管理システム

3. 資金繰り・キャッシュフロー管理をしたい方向けの支払管理システム

4. 会計システムやERPとの連携を重視する方向けの支払管理システム

自社に合った支払管理システム選びの参考として、ご活用ください。

※記事の内容は2025年6月時点の情報です

1.支払業務の自動化・効率化を重視する方向けの支払管理システム

「とにかく日々の請求書処理をラクにしたい！」「手入力や紙のやり取りから解放されたい！」という場合には、請求書の受け取りから支払までの一連の作業を自動化することに特化したシステムがおすすめです。

サービス1.法人"ビリングONE"（ＮＴＴファイナンス株式会社）

「法人"ビリングONE"」は、拠点や部署ごとにバラバラに届く通信費や公共料金などの請求書をＮＴＴファイナンスが受け取り、企業に月1回まとめて請求するクラウドサービスです。

請求書の集約により支払処理が月1回で済むようになるため、特に拠点や部門の多い企業では、経理業務の工数削減に大きな効果を発揮します。

また、IPアドレス制限機能でアクセス元を制限できることから、セキュリティポリシーが厳しい企業にも適したクラウドサービスです。

通信回線や公共料金を複数契約している企業におすすめの「法人"ビリングONE"」は、下記よりダウンロードできる資料にて詳しく説明しています。無料でダウンロードできますので、ご興味のある方はお気軽にご覧ください。

＼ 請求書管理・支払いを自動化できる！ ／

▲初期導入コスト無料で利用可能

サービス2.バクラク請求書受取（株式会社LayerX）

出典：https://bakuraku.jp/invoice/

「バクラク請求書受取」は、請求書の受取・仕訳・支払まで一気通貫で代行するサービスです。

最大100枚の請求書を数秒でデータ化できる高精度AIを搭載しており、作業のスピードと正確性を両立しています。

レイアウトが複雑な請求書でも、日付や金額、支払先などを正確に読み取るため、担当者が目視で確認・修正する手間がほとんどかかりません。

サービス3.TOKIUMインボイス（株式会社TOKIUM）

出典：https://www.keihi.com/invoice/

「TOKIUMインボイス」は、郵送・メール・ダウンロード形式など、あらゆる形式の請求書を受け取り、開封・スキャン・データ入力までを代行してくれるサービスです。

請求書処理はすべてオンラインで完結し、過去の請求書もすぐに検索・閲覧できるため、管理や確認の手間が大幅に軽減されます。

さらに、オプション機能を利用すれば、取引先への送付先変更の連絡も代行可能。導入時の調整業務を最小限に抑えられる点も魅力です。

サービス4.invox受取請求書（株式会社Deepwork）

出典：https://invox.jp/

「invox受取請求書」は、AI-OCR機能とオペレータによる確認のハイブリッド方式で、99.9％以上のデータ化精度を実現しているサービスです。

AIが請求書のレイアウトを自動で判別して正確にデータ化。さらに、その結果を人の目で最終チェックすることで、安心感のある運用を支えます。

データ化された情報は、会計システム・オンラインバンキング・ERPなどと連携可能で、支払や計上といった経理業務の自動化・効率化につなげられる点も大きな特徴です。

2.内部統制・ワークフローを強化したい方向けの支払管理システム

「誰が申請して、誰が承認したのか、証拠をしっかり残したい」「会社のルールを徹底し、不正やミスが起こらない仕組みを作りたい」という場合には、ワークフローの機能や権限設定が充実したシステムがおすすめです。

サービス1.マネーフォワード クラウド債務支払（株式会社マネーフォワード）

出典：https://biz.moneyforward.com/payable/

「マネーフォワード クラウド債務支払」は、企業ごとの組織体制や業務ルールに応じて、柔軟な承認ワークフローを構築できるのが強みです。

例えば、「10万円以上の支払は部長承認が必要」といった金額条件付きの多段階承認ルートも、ノーコードで簡単に設定できます。

また、事前申請と請求書データを紐づけることで、申請から支払処理までの流れを一元化し、確認ミスや処理漏れを防止できるのもポイントです。

サービス2.WiMS/SaaS支払依頼システム（株式会社ソリューション・アンド・テクノロジー）

出典：https://wims-saas.solty.co.jp/products/shiharai.html

「WiMS/SaaS支払依頼システム」は、従業員規模1,000名以上の企業を中心に数万名規模の企業も多く利用しているサービスです。

大規模組織特有の複雑な承認プロセスに対応できるよう、条件分岐や多段階承認、代理申請など多彩なワークフロー機能を備えています。

ワークフローの作成はドラッグ＆ドロップで直感的に操作でき、複雑なルートでもスムーズに構築できるのが特徴です。

サービス3.Concur Invoice（株式会社コンカー）

出典：https://www.concur.co.jp/invoice-management

「Concur Invoice」は、経費精算分野で世界的に高いシェアを誇るSAP Concurが提供する、請求書管理に特化したソリューションです。

社内規程に基づく自動チェック機能を備えており、違反の可能性がある申請に対して「イエローカード」や「レッドカード」を表示します。

国際標準規格「Peppol」にも対応しており、外資系企業や海外に拠点を持つ企業など、国際的なレベルで内部統制を徹底したい場合におすすめです。

3.資金繰り・キャッシュフロー管理をしたい方向けの支払管理システム

「支払予定を正確に把握して、資金繰りを安定させたい」「経営判断のために、リアルタイムでキャッシュフローの状況を見たい」という場合には、支払データをもとに会社の資金繰りを予測・管理できる機能を持つシステムが大きな助けとなります。

サービス1.マネーフォワード クラウド会計（株式会社マネーフォワード）

出典：https://biz.moneyforward.com/accounting/

「マネーフォワード クラウド会計」は、複数の銀行口座やクレジットカードの入出金情報を自動で取り込み、一元管理できます。

日々の資金の動きをグラフなどで可視化できるため、現在の資金状況を直感的に把握することが可能です。

仕訳を入力するだけでキャッシュフローが自動的に反映されるため、手間をかけずに資金繰りの見通しを立てられます。

サービス2.Coupa Pay（Coupa株式会社）

出典：https://coupa.co.jp/products/ap-automation/payments

「Coupa Pay」は、支払業務とキャッシュフロー管理の最適化に強みを持つクラウド型の支払管理ソリューションです。

購買や請求書処理と連携し、支払のタイミング・金額・承認状況をリアルタイムで可視化できるため、DPO（支払猶予日数）を意識した資金管理が可能になります。

サプライヤーとの支払条件管理や不正検知機能も備えており、ガバナンスの強化とコストの最適化を両立したい企業におすすめのサービスです。

サービス3.milestone（株式会社Milestone）

出典：https://mile-stones.jp/

「milestone」は、スタートアップや中小企業向けに特化した、シンプルで直感的なキャッシュフロー管理ツールです。

請求書の支払予定や給与の支払日などをカレンダー形式で入力するだけで、将来の資金残高の推移をグラフでシミュレーションできます。

専門的な知識がなくても、資金状況を視覚的に把握できるため、「まずは資金繰りの見える化から始めたい」という企業に適したサービスです。

4.会計システムやERPとの連携を重視する方向けの支払管理システム

「支払管理だけでなく、販売管理や在庫管理、会計まで、会社全体の業務をまとめて最適化したい」という企業には、基幹システム（ERP）の一部として支払管理機能を提供している、あるいは主要な会計システムとの連携が強固な製品が適しています。

サービス1.債務奉行iクラウド（株式会社オービックビジネスコンサルタント）

出典：https://www.obc.co.jp/bugyo-cloud/saimu

「債務奉行iクラウド」は、会計システム「勘定奉行」を開発した株式会社オービックビジネスコンサルタント（OBC）が提供するクラウド型の支払管理システムです。

会計システムとの高い親和性が特徴で、支払データから仕訳データを正確かつ自動で作成し、会計処理までをシームレスに連携できます。

また、「奉行クラウド」シリーズと組み合わせることで、支払管理にとどまらず、経理・人事・販売といったバックオフィス業務全体を網羅的にカバーすることが可能です。

サービス2.アラジンオフィス（株式会社アイル）

出典：https://aladdin-office.com/

「アラジンオフィス」は、販売管理、在庫管理、生産管理など、企業の基幹業務を幅広く支援する中堅・中小企業向けのERPパッケージです。

支払管理（債務管理）機能もその一環として搭載されており、仕入データと連動して正確な支払処理を実現します。

また、アパレル、食品、医療など多様な業種に対応した導入実績があり、業界ごとの業務フローに沿った柔軟なカスタマイズができるのも大きな魅力です。

サービス3.PROACTIVE（SCSK株式会社）

出典：https://proactive.jp/

「PROACTIVE」は、会計、人事、販売管理などを網羅した統合型ERPパッケージです。7,300社を超える豊富な導入実績による豊富なノウハウが強みです。

支払管理機能も標準で搭載されており、企業全体の「ヒト・モノ・カネ」の情報を一元管理する中で、内部統制の取れた厳格な支払業務を構築できます。

特に、グループ会社間で経理業務を標準化・集約したいといった高度な要件にも柔軟に対応できるため、制度面・運用面ともに信頼性の高い支払管理をめざす企業に最適です。

サービス4.楽楽販売（株式会社ラクス）

出典：https://www.rakurakuhanbai.jp/

「楽楽販売」は、販売管理だけでなく、支払管理も一元化できるクラウド型業務システムです。

部署ごとの発注情報を一元管理することで、転記や二重入力といった人的ミスを削減。さらに、請求書との突合や支払金額の合算処理も自動化されるため、支払業務全体の効率化を実現します。

また、購買申請から支払い、会計システム連携まで一連のプロセスを一括管理でき、自社業務に合わせた柔軟なカスタマイズも可能です。

自社に合った支払管理システムで業務を効率化しよう

支払業務は、企業経営の根幹を支える重要な役割を担っています。

システムを活用することで、手作業によるミスや属人化といった課題を解消し、業務効率や内部統制、資金繰りの精度を大きく向上させることが可能です。

自社の課題や目的に合わせて最適なシステムを選定し、より強固な経営基盤を築いていきましょう。

なお、ＮＴＴファイナンスの「法人"ビリングONE"」は、通信費や公共料金などの支払い期日が異なる請求書を月1回に集約し、支払業務の負担を大きく軽減でき、特に拠点や部署の多い企業におすすめです。

サービスの具体的な活用イメージを知りたい方は、下記より導入事例集をダウンロードのうえ、ご確認ください。

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